2018年，云南大学与中国科学院上海生命科学研究院合作，在川金丝猴起源和进化历史研究方面取得重要进展。

研究团队从群体遗传学角度，利用核基因组、线粒体基因组和Y染色体三种分别来自双亲、母系和父系的不同遗传分子标记，全面阐述现存三个川金丝猴地理群的起源及扩散过程。研究发现，三种遗传标记显示川金丝猴三个群体之间不同的群体结构，而且核基因组分析发现它们之间存在对称的双向基因流。而线粒体基因组和Y染色体分析发现不对称的基因流事件，进一步的模拟分析表明，不同的群体结构和基因流事件不是由不完全谱系分拣造成，而是川金丝猴性别倾向性扩散差异的结果。

此外，群体历史模拟分析支持川金丝猴的祖先群体最先广泛分布在中国中部和西南的山区，随后古气候变化影响导致群体间发生隔离。在大约24500年前，神农架群体最先与其他群体发生分歧，随后逐渐收缩到湖北神农架等各大山系间；其后秦岭群体在13500年左右从四川、甘肃群体迁徙出去并作为建群者，群体间迁徙过程中伴随不平衡的基因流发生事件。